Em 2017, Vieira Lima foi preso durante a ‘Operação Lava Jato’. Em um apartamento do ministro em Salvador foram encontrados R$ 51 milhões, em espécie. A prisão dele se deu na ‘Operação Cui Bono’, que apurou um esquema de fraudes na liberação de créditos da Caixa Econômica Federal (CEF).