O colegiado da magistratura instaurou ainda, por unanimidade, o processo administrativo disciplinar (PAD) contra o magistrado. Quanto ao afastamento das funções, o escore foi de 11 votos a 4.

Bretas é alvo de três representações disciplinares que questionam sua atuação na Lava Jato. O magistrado pode sofrer afastamento do cargo com a abertura de um processo disciplinar contra ele. Uma das representações é do prefeito do Rio de Janeiro, Eduardo Paes (PSD), que alega perseguição por parte do juiz.

A defesa do almirante, comandada pelo criminalista Fernando Augusto Fernandes, sustentou que houve desrespeito ao devido processo legal no processo. Em sustentação oral em defesa do sócio da Engevix José Antunes Sobrinho, o advogado Geraldo Prado apontou que houve ocultação de provas. O desembargador Flávio Lucas pediu vista ao processo.

Bretas considerou, em sua sentença, que Pezão, ex-vice-governador de Sérgio Cabral, deu continuidade aos crimes, após assumir o governo do Estado. Na véspera, a Ordem dos Advogados do Brasil entrou com pedido para que o magistrado seja investigado pela Corregedoria da Justiça.

De acordo com denúncia do advogado criminalista Nythalmar Dias Ferreira Filho, à OAB, o juiz negociou penas, orientou advogados e combinou estratégias com o Ministério Público em interesse próprio e de terceiros.

De acordo com a Lei Orgânica da Magistratura, Bretas passa a ser ‘ficha suja’ e não poderá "figurar em lista de promoção por merecimento pelo prazo de um ano, contado da imposição da pena”. Bretas participou de ato político ao lado do presidente Jair Bolsonaro.

Diante das denúncias que pesam sobre o magistrado, o Tribunal Regional Federal da Segunda Região TRF-II agendou o julgamento sobre a conduta do juiz federal. Dessa vez, no entanto, será julgado por participar em eventos políticos ao lado do presidente Jair Bolsonaro (sem partido).